関西３番目の大学チームとして関西学院大が加盟、関西でもリーグ戦が開始された。
太平洋戦争に突入し、ポール・ラッシュ理事長が敵国人収容所に収容され、徴兵など戦争による影響が深刻となっていく。

《 関東 》

		明 治				法 政				日 大				慶 応				早稲田				立 教				勝	負	分
1	明 治													24	○	0		32	○	0		38	○	6		3	0
2	法 政									6	○	0						0	●	19		26	○	0		2	1
3	日 大					0	●	6						21	○	12						7	○	0		2	1
4	慶 応	0	●	24						12	●	21						7	○	0		7	○	0		2	2
5	早稲田	0	●	32		19	○	0						0	●	7						58	○	7		2	2
6	立 教	6	●	38		0	●	26		0	●	7		0	●	7		7	●	58						0	5

太平洋戦争の激化に伴い、17年秋と18年春の２回に分けて徴兵の為の繰り上げ卒業が実施されることとなった。
大学スポーツは文部省の指導により、春季・秋季の２シーズン開催となった。

《 関東 》

		明 治				慶 応				早稲田				立 教				法 政				日 大				勝	負	分
1	明 治					25	○	0		19	○	6										13	○	6		3	0
2	慶 応	0	●	25														22	○	0		6	○	0		2	1
3	早稲田	6	●	19										37	○	6		8	○	7						2	1
4	立 教									6	●	37						18	○	9		0	△	0		1	1	1
5	法 政					0	●	22		7	●	8		9	●	18						25	○	0		1	3
6	日 大	6	●	13		0	●	6						0	△	0		0	●	25						0	3	1

関東のスコア等は不明だが、優勝は明治。

２月、ポール・ラッシュ理事長が日米抑留者交換船で帰米した。
５月23日に協会は、(1)戦況好転までフットボールを一時休止する、(2)海軍闘球（海軍航空隊創案のラグビー、鎧球、蹴球を混合させた集団競技）に転向する ことを決定した。
７月に軍部の命令によって各大学運動部は解散させられ、全ての競技が活動を停止した。

活動中断中。

敗戦後の９月下旬に総司令部の陸軍中佐として再来日したポール・ラッシュ氏を中心に、復活に向けた活動が開始された。